Geißeln oder Flagellen sind längere, von der Zelloberfläche abstehende, schwanz- oder peitschenartige Fortbewegungsorganellen bei einzelligen Lebewesen, die im Gegensatz zu Wimpern (Cilien) meist nur in Einzahl oder Zweizahl ausgebildet werden. Sie kommen sowohl bei Prokaryoten als auch bei Protisten vor, wobei sich der Feinbau allerdings unterscheidet. Auch bei bestimmten Zelltypen der Tiere, z. B. bei Spermatozoen, kommen Geißeln vor.

Um dem unterschiedlichen Aufbau von Pro- und Eukaryotengeißel nomenklatorisch Rechnung zu tragen, ist von deutschsprachigen Autoren folgende Sprachregelung vorgeschlagen worden: "Die Geißeln der eukaryotischen Zellen haben einen sehr einheitlichen Aufbau. (...) Der Begriff "Flagelle" bleibt den ganz anders organisierten Fortbewegungsorganellen der Prokaryoten vorbehalten." (Kleinig/Maier: Zellbiologie, 4.Aufl.1999, S.151).

Im vorliegenden Artikel wird diese eindeutige Zuordnung der Begriffe "Geißel" und "Flagellum" weitgehend berücksichtigt (Schwierigkeiten ergeben sich z.B. bei "Begeißelung", vgl. unten). Zu bemerken ist aber, daß in anderen aktuellen Lehrbüchern diese Unterscheidung nicht gemacht wird (z.B. wird in der deutschen Übersetzung der 3.Auflage von Alberts´Essential Cell Biology (2005) das englische Original "flagella" mit "Flagellen (Geißeln)" übersetzt und aufgrund dieser Gleichsetzung die Geißeln der Eukaryotenzellen im Folgetext als "Flagellen" bezeichnet, vgl. ebd. S.625 ff.).

Die Flagellen der Prokaryoten