Als Generationswechsel bezeichnet man in der Biologie eine Form der Fortpflanzung, bei der die unterschiedlichen Möglichkeiten der Fortpflanzung (die geschlechtliche und die ungeschlechtliche) auf unterschiedliche Generationen verteilt sind. Hierbei gibt es zwei Varianten:

1. Bei der Metagenese (= metagenetischer Generationswechsel) folgt auf die geschlechtliche Fortpflanzung eine ungeschlechtliche Fortpflanzung, der wiederum eine Generation mit geschlechtlicher Fortpflanzung folgt.
2. Bei der Heterogonie (= heterogoner Generationswechsel) wechselt sich eine sich bisexuell fortpflanzende Generation mit einer oder mehreren sich unisexuell (das heißt: parthenogenetisch) fortpflanzenden Generation ab.

Der Wechsel zwischen einer haploiden und einer diploiden Generation wird in der Fachsprache der Biologen heterophasisch genannt (= heterophasischer Generationswechsel); gibt es keinen solchen Wechsel der Ploidie, spricht man von einem homophasischen Generationswechsel.

Unterscheiden sich die Generationen in ihrem äußeren Aussehen, so wird dies als heteromorpher Generationswechsel bezeichnet - im Unterschied zum isomorphen Generationswechsel, bei dem die Generationen äußerlich gleich aussehen oder einander zumindest zum verwechseln ähnlich sind.

Der Generationswechsel ist ein bei vielen Protisten, bei Moosen, Farnen und Samenpflanzen, aber auch bei Nesseltieren und Tunicaten vorkommendes Phänomen. Er vereint die Vorteile beider Fortpflanzungsarten in sich: Die sich ungeschlechtlich vermehrende Generation kann eine große Anzahl von Nachkommen erzeugen, ohne dafür einen Sexualpartner zu benötigen. Die sich geschlechtlich vermehrende Generation sorgt für eine Durchmischung des Genpools.