Das Ziel der Wissenschaftsgeschichte ist es, die historische Entstehung und Entwicklung der Wissenschaft und ihrer jeweiligen Disziplinen nachzuzeichnen. Hierzu bedient sie sich vor allem Methoden der Geschichtsforschung. Dabei stammen Wissenschaftler, die Wissenschaftsgeschichte betreiben, oft selbst aus der Disziplin, die sie historisch bearbeiten, was oft bei sehr komplexen Themengebieten auch unabdingbar ist. Wissenschaftsgeschichte erscheint dann als historischer Teil der jeweiligen Fachdisziplin.

Neben der Geschichte wissenschaftlicher Theorien und Erkenntnisse können auch weitere Themengebiete Inhalt der Wissenschaftsgeschichte sein: z.B. Biographien ausgewählter Forscher, wissenschaftlich bedeutsame Expeditionen oder die Entwicklung wissenschaftlicher Zeitschriften, Verlage, Sammlungen oder Organisationen. Auch die Geschichte wissenschaftlicher Ausbildungsordnungen und Abschlüsse fällt in den Bereich der Wissenschaftsgeschichte.

Bei zahlreichen wissenschaftshistorischen Fragestellungen kann es zu starken Überschneidungen mit der allgemeinen Geschichtsforschung kommen, wenn etwa Themen wie Wissenschaft im Dritten Reich (undenkbar ohne NS-Geschichte) oder Tropenbotanik (undenkbar ohne Geschichte der Kolonialisierung) bearbeitet werden. Auch die Entwicklung technischer Möglichkeiten kann einen bedeutenden Einfluss auf die Entwicklung einzelner Fachdisziplinen haben und ist dann zu beachten.