Eine Zygote ist eine diploide Zelle, die durch Verschmelzung zweier haploider Geschlechtszellen (Gameten) - meistens einer Eizelle (weiblich) und einer Samenzelle (männlich) - entsteht (Vorgang = Befruchtung). Dabei verschmelzen zunächst beide Membranen (Plasmogamie) und dann auch die Zellkerne der beiden Geschlechtszellen (Karyogamie). Den gesamten Verschmelzungsvorgang nennt man Syngamie. Sobald die Samenzelle in die Eizelle eingedrungen ist, findet die Rindenreaktion statt, bei der die Eizelle eine Substanz ausscheidet, die es für weitere Samenzellen unmöglich macht, in die Eizelle einzudringen. Bei Mehrzellern entstehen aus der Zygote durch vielfache Mitosen (Kernteilungen) mehrzellige Organismen.